علم دینی بهطورعام و علوم اجتماعی اسلامی بهطورخاص، مفاهیم نوینی هستند که کاربرد آن در دوران معاصر به پنج دهۀ اخیر بازمی¬گردد و استفاده از این مفاهیم، مربوط به سومین مقطع از مقاطع مواجهۀ جهان اسلام با جهان مدرن است.
ورود ادبیاتی که عقلانیت و علم اسلامی را از موضع سوژه و عقلانیت مدرن به نقد می¬کشید، سنت فکری اسلامی را جهت دفاع از هویت علمی و عقلی خود، ناگزیر به عرصۀ منازعات علم دینی و عقلانیت اسلامی وارد ساخت و بدینترتیب در دهه¬های پس از انقلاب مسئلۀ علم دینی و اسلامی مستقل از مباحثی که در جهان اسلام شکل گرفته بود، فعال شد. ویژگی¬ جریان علم دینی و اسلامی در ایران، در مقایسه با جریانهای دیگری که پیش از آن در جهان اسلام شکل گرفته بود، تغذیه آن از سنت عقلی و فلسفی شیعی است. مباحثی که حضرت آیتالله جوادی آملی در سه دهۀ اخیر در این زمینه مطرح کرده¬اند، نمونۀ برجسته از ورود بنیانهای فلسفی صدرایی به مباحث علم دینی و عقلانیت اسلامی است.