بر اساس ماده ۱۰ اساسنامه ترکیب و وظایف هیئت رئیسه به شرح ذیل است:

 ترکیب هیئت رئیسه

1. رئیس 
2. معاونان 

ماده۱۱- وظایف و اختیارات هیئت رئیسه

1. مشارکت و همکاری فعالانه در تنظیم برنامه­‌های راهبردی «مؤسسه» مبتنی بر سند چشم­‌انداز، برنامه‌­های توسعه کشور، نقشه جامع علمی کشور و برنامه‌­های تقویمی وزیر علوم، تحقیقات و فناوری به مجلس شورای اسلامی، به منظور ارائه و تصویب در هیئت امنا؛
2. فراهم نمودن زمینه­‌های لازم تحقق اهداف برنامه­‌های راهبردی «مؤسسه»؛
3. فراهم نمودن زمینه مناسب به­‌منظور اجرایی نمودن مصوبات شورای عالی انقلاب فرهنگی، هیئت امنا، آیین‌­نامه و بخشنامه‌­های ابلاغی از سوی «وزارت» و سایر مراجع ذی‌صلاح؛
4. بررسی آیین‌­نامه‌­ها، شیوه‌­نامه‌­ها، دستور جلسات و سایر موارد ارائه‌­شده از سوی معاونت­‌ها و شورای «پژوهشگاه» به منظور طرح در هیئت امنا و یا سایر مراجع ذی‌صلاح؛
5. پیشنهاد بودجه سالیانه و تفصیلی «پژوهشگاه» به هیئت امنا از طریق رئیس «مؤسسه»؛
6. تنوع­ بخشی به منابع مالی «پژوهشگاه» از طریق جذب کمک­‌های مردمی و افزایش درآمدهای اختصاصی از طریق ارائه خدمات پژوهشی، فناوری و سایر منابع دیگر پس از اخذ مجوزهای لازم از هیئت امنا و سایر مراجع ذی‌صلاح؛
7. پیشنهاد توزیع و تخصیص فرصت­‌های مطالعاتی داخل و خارج که طبق ضوابط به اعضای هیئت علمی تعلق می­‌گیرد از طریق رئیس «مؤسسه» به «وزارت»؛
8. بررسی و تصویب پیشنهادهای ارائه شده در خصوص فعالیت­‌های تربیتی، فرهنگی، سیاسی و تربیت بدنی که بر اساس تقویم سالیانه «مؤسسه» ارائه گردیده است؛
9. نظارت و پیگیری گزارش‌­های تربیتی، فرهنگی، سیاسی، امنیتی و ... با هماهنگی دیگر دستگاه‌­های ذیربط تا حصول نتیجه؛
10. بررسی و ارزیابی نحوه اجرای تصمیمات هیئت رئیسه توسط حوزه­‌های مختلف «مؤسسه» و نظارت بر عملکرد آنان؛
11. ارزیابی عملکرد حوزه­‌های مختلف «مؤسسه» و بررسی گزارش­‌های ادواری در شورای «مؤسسه»؛
12. ایجاد هماهنگی لازم بین حوزه­‌های مختلف «مؤسسه».