وزیر علوم، تحقیقات و فناوری، ضمن تعیین دبیر کمیسیون ملی بررسی علمی اعتراضات، دبیران هفت کارگروه تخصصی این کمیسیون را نیز منصوب کرد. دکتر هادی خانیکی عضو هیئت امنای مؤسسه مطالعات فرهنگی و اجتماعی و دکتر لیلا فلاحتی، عضو هیئت علمی این مؤسسه به عنوان دبیران کارگروه‌های مطالعات رسانه و ارتباطات و مطالعات اجتماعی و فرهنگی این کمیسیون منصوب شدند.

به گزارش روابط عمومی مؤسسه مطالعات فرهنگی و اجتماعی، وزیر علوم، تحقیقات و فناوری، ضمن تعیین دبیر کمیسیون ملی بررسی علمی اعتراضات، دبیران هفت کارگروه تخصصی این کمیسیون را نیز منصوب کرد و بر نقش محوری انجمن‌های علمی، دانشجویانی که ارتباط تنگاتنگ و پیوسته با جامعه دارند و برقراری تعامل و ارتباطی پیوسته و نظام‌مند میان کارگروه‌های ملی و دانشگاه‌های عضو شورای راهبری کمیسیون ملی، دریافت گزارش‌های دانشگاهی و تجمیع و هم‌افزایی گزارش‌ها و طراحی سازوکار مشارکت گسترده جامعه علمی کشور تأکید کرد.
بر اساس این ابلاغ، دکتر غلامرضا غفاری، استاد جامعه‌شناسی دانشگاه تهران به عنوان دبیر  کمیسیون ملی بررسی علمی اعتراضات منصوب شد. این کمیسیون مأموریت دارد با بهره‌گیری از ظرفیت دانشگاه‌ها و مراکز علمی کشور، گزارش‌های تحلیلی و سیاستی درباره زمینه‌ها و علل بروز اعتراضات و ارائه راهکارهای اصلاحی تهیه کند.
در این چارچوب، هفت کارگروه تخصصی تشکیل شده و دبیران آنها به شرح زیر منصوب شدند:
کارگروه مطالعات اجتماعی و فرهنگی: دکتر لیلا فلاحتی
کارگروه مطالعات رسانه و ارتباطات: دکتر هادی خانیکی
کارگروه مطالعات اقتصادی: دکتر تیمور رحمانی
کارگروه مطالعات حقوقی: دکتر باقر شاملو 
کارگروه مطالعات حکمرانی و آینده‌پژوهی: دکتر کیومرث اشتریان
کارگروه مطالعات امنیتی: دکتر اصغر افتخاری
کارگروه روان‌شناسی اجتماعی: دکتر امیرحسین جلالی ندوشن

همچنین در این ساختار، ارتباط مستمر و نظام‌مند دانشگاه‌ها با کمیسیون ملی پیش‌بینی شده است؛ به‌گونه‌ای که دانشگاه‌ها موظف به تهیه و ارسال گزارش‌های علمی خود هستند و این گزارش‌ها در کارگروه‌های تخصصی دریافت، ارزیابی، هم‌افزایی و جمع‌بندی می‌شود تا در نهایت به صورت یک گزارش ملی سیاست‌محور تدوین گردد.
بر اساس ابلاغ وزیر علوم، گزارش‌های دانشگاهی پس از بررسی در کارگروه‌ها، تجمیع و در چارچوب کمیسیون ملی نهایی‌سازی خواهد شد تا علاوه بر توصیف دقیق علمی رخدادها، پیشنهادهای اجرایی و قابل تحقق برای کاهش شکاف‌های اجتماعی و تقویت اعتماد عمومی ارائه شود.
در این ابلاغ همچنین بر ضرورت اتخاذ رویکرد میان‌رشته‌ای، شنیدن صدای گفتمان‌های متنوع جامعه و بهره‌گیری از یافته‌های علمی و تجارب جهانی تأکید شده است؛ رویکردی که قرار است با اتکا به ظرفیت نهاد علم، به فهم دقیق‌تر تحولات اجتماعی و ارائه راهکارهای واقع‌بینانه کمک کند.