مؤسسه مطالعات فرهنگی و اجتماعی  با هدف «پژوهش در زمینه های فرهنگی و اجتماعی آموزش عالی و توسعه و ارتقای علوم انسانی و اجتماعی» تأسیس شده است. ایده اولیه نیاز به تأسیس پژوهشکده‌های مستقل در حوزه مطالعات فرهنگی و اجتماعی با تأکید بر نیازهای علمی دانشگاهی کشور، از تحقیقات و مطالعاتی به دست آمد که در دفتر برنامه‌ریزی اجتماعی و مطالعات فرهنگی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری انجام شد. نیاز به انجام پژوهش‌ها و مطالعاتی که هدف آنها ارائه نظریه، ایده و راهبرد به نظام تصمیم‌گیری باشد، همچنین، ضرورت ارتباط پیاپی با صاحبنظران و نخبگان و تداوم فعالیت مرکزی برای تحلیل و نظریه‌پردازی درباره آموزش عالی ایران، سبب تأسیس پژوهشکده مطالعات فرهنگی و اجتماعی گردید.بر این اساس، در جلسه ۱۳۸۲/۰۷/۱۲ شورای گسترش آموزش عالی با تأسیس پژوهشکده با ساختار چهار گروه مطالعات آینده‌نگر، مطالعات اجتماعی، مطالعات زنان و مطالعات فرهنگی موافقت اصولی و در تاریخ  ۱۳۸۲/۰۸/۱۹ موافقت قطعی صورت گرفت و با ابلاغ مصوبه مربوط، راه‌اندازی پژوهشکده از سال ۱۳۸۳ وارد مرحله اجرایی شد.

ارتقاء پژوهشکده به مؤسسه

شورای گسترش و برنامه ریزی آموزش عالی در جلسه ۹۲۸  به تاریخ ۱۳۹۹/۰۴/۰۱ موافقت قطعی  با ارتقاء پژوهشکده به مؤسسه و همچنین موافقت اصولی برای راه‌اندازی دو گروه «مطالعات علم و فناوری» و گروه «مطالعات ارتباطات و فضای مجازی» را اعلام کرد.

مؤسسه دارای کمیسیون دائمی و هیئت امنای مستقل است؛ اعضای هیئت علمی مستقر و استادان و پژوهشگران حوزه علوم انسانی و اجتماعی دانشگاه‌ها و مراکز پژوهشی کشور مهمترین رکن هویت دهنده مؤسسه می‌باشند. شورای مؤسسه، مهمترین رکن تصمیم‌گیری پژوهشی مؤسسه است که متشکل از ۹ تا ۱۱ عضو (با حداقل دو عضو بیرونی) است.
جشنواره بین‌المللی فارابی
جشنواره بین‌المللی فارابی نیز  یکی دیگر  از بخش‌های مؤسسه است که ساختار علمی و اداری خاص خود را دارد. این جشنواره با عنایت به اهداف مشخص شده برای آن در دو حوزه نظری و کاربردی، از حیث سازمانی به‌گونه‌ای تعریف شده تا از حداکثر حمایت مراکز پژوهشی- آموزشی فعال در گستره علوم انسانی برخوردار باشد. برای این منظور تجارب ارزنده جشنواره‌های بین‌المللی کشور و دیدگاه‌ها و پیشنهادهای ارایه شده از سوی فرهنگستان‌ها‌ و مؤسسات پژوهشی و علمی کشور مورد توجه قرار گرفت و در طراحی جشنواره به‌کار گرفته شد که در مجموع، تلاشی فراگیر و اقدامی جمعــی را برای شناسایی و تقدیر از برگزیدگان علوم انسانی و اسلامی، شکل می‌دهـد. موضوع جشنواره، تقدیر از تحقیقات حوزه علوم انسانی و اسلامی است. آثاری در جشنواره پذیرش، بررسی، ارزیابی و معرفی می‌شوند که واجد ویژگی «اثر پژوهشی» باشند . قالب ارائه آنها می‌تواند متفاوت باشد.